博士论文拒绝上知网查重的原因主要包括：1.抄袭现象严重，文字雷同度过高；2.参考文献引用格式不规范；3.学术不端行为，如篡改数据等。为避免博士论文被拒绝上知网查重，作者应当注重文献引用规范，杜绝抄袭行为，保证学术诚信，严格按照学术规范撰写论文。

另外，博士论文拒绝上知网查重还可能由于格式错误、图片、表格未清晰标注、参考文献未列全等原因。为确保博士论文顺利通过查重，作者在写作过程中应当注意论文格式规范，清晰标注图片表格，认真核对参考文献，确保内容真实可靠。此外，建议作者在撰写博士论文前，使用专业的查重软件自查，及时发现并改正问题，提高论文通过率。